Reformacija, ki je v 16. stoletju zajela tudi slovenske dežele, v teološkem smislu ni povsem enoten pojav. Primož Trubar (1508–1586), ki je njen osrednji predstavnik, je sprva na podlagi luteranskih in zwinglijanskih pobud poskušal ustvariti teologijo, ki bi presegla spore in razlike med švicarskimi in nemškimi evangeličani. Pozneje je zaradi izgona iz domovine in preselitve na Württemberško ter spričo razmer v slovenskih deželah, ki so bile pod oblastjo katoliškega deželnega kneza, sprejel filipistične poglede ter nastopal proti flacijanskim nazorom. Slednje je zagovarjal Sebastijan Krelj, vendar dolgoročno ni imel uspeha, saj je bila podpora filipistov, ki so prevladali v nemških deželah, bistvena za preživetje protestantizma na Kranjskem, Štajerskem in Koroškem do konca 16. stoletja. Evangeličasnka teološka misel je imela veliko vlogo tudi v duhovnem združevanju slovenskega prostora; Primož Trubar je tako zasnoval »cerkev slovenskega jezika« (1555), ki je presegala obstoječe meje med posameznimi deželami.