Jugoslovanskega vprašanja se je Fran Zwitter lotil večkrat, in sicer tako v sintetičnih študijah kot tudi v monografskih raziskavah. Razpravljal je o širokem časovnem loku, saj je posegel tako v predzgodovino jugoslovanstva, v intelektualne tokove renesanse, kot tudi v čas prve svetovne vojne. Tri teme, ki jih je raziskoval najbolj podrobno, so bile: čas Ilirskih provinc, ljubljanski jugoslovanski kongres leta 1870 in njegova predzgodovina ter obdobje 1. svetovne vojne. Pri tem ni ostajal na nivoju vsakodnevne politike, ampak so ga bolj zanimali trendi, ki so postali prepoznavni šele v daljših obdobjih.