Čeprav se je Fran Zwitter v prvi vrsti ukvarjal z novejšimi obdobji, je v slovenskem zgodovinopisju zapustil pomembno sled tudi na področju medievistike, kjer je proučeval zgodovino mest in meščanstva. V tem okviru po pomenu in obsegu izstopa njegova monografija Starejša kranjska mesta in meščanstvo s katero je leta 1929 tudi doktoriral. Na to temo je kasneje napisal še nekaj pomembnih razprav, ki jih odlikuje zlasti širok primerjalni okvir.