Na pokopavanja v cerkvi sv. Klare v Kopru so opozorila že arheološka izkopavanja, ki jih je leta 1989 v sodelovanju s Pokrajinskim muzejem Koper opravljal Oddelek za arheologijo Filozofske fakultete v Ljubljani. V samostanski cerkvi so izpričana tri časovna obdobja pokopavanj. Obe najstarejši grobišči, ki sodita v čas antike in srednjega veka, sta bila najverjeteneje sestavni del urbanega prostora, pokopavanje v grobnicah, ki večinoma sodi v baročno fazo pokopavanja, pa je bilo znotraj same cerkve. Arhivski podatki o pokopavanju v cerkvi sv. Klare so morda pisna potrditev arheoloških najdb. Po arhivskih podatkih sodeč, je bilo v samostanskem kompleksu sv. Klare v Kopru med leti 1616 in 1782 pokopanih sto, morda tudi sto eden pokojnik. Za šest laikov vemo, da so bili pokopani v cerkvi sv. Klare, pri redovnicah pa mesto pokopa največkrat ni povsem natančno določeno. Navadno je kronist zapisal, da so pokojnico pokopali v "njenem samostanu". Ko bodo objavljeni rezultati arheoloških izkopavanj iz leta 1989, bo mogoča primerjava med ugotovitvami arheologov ter pisnimi podatki o številu pokopov v samostanski cerkvi sv. Klare, ki jih hranijo v Škofijskem arhivu Koper v fondu Kapiteljskega arhiva.