Fran Zwitter je glavno raziskovalno pozornost namenil preučevanju nacionalnih odnosov v Habsburški monarhiji. Referat, s katerim je (v sodelovanju z Vasom Bogdanovom in Jaroslavom Šidakom) nastopil na svetovnem kongresu zgodovinarjev v Stockholmu leta 1960, lahko še danes ocenimo za največji mednarodni uspeh slovenskega zgodovinopisja. Z njim in knjigo, ki je sledila, je prepričljivo pokazal zapleteno politično in nacionalno strukturo države, ki je postajala »vedno bolj anahronizem« in je bila obsojena na propad.