Nastanek samostojne bosansko-hercegovske države, prestrukturiranje pravnega sistema in uveljavitev novih administrativnih mej je povzročilo tudi razpad arhivske mreže nekdanje Socialistične republike Bosne in Hercegovine. Po daytonskem sporazumu je novo nastala država razdeljena na dve upravni enoti, in sicer na Federacijo BiH, kije nadalje razdeljena na 10 kantonov, in na Republiko Srbsko. V predvojni BiH je delovalo 10 arhivskih ustanov, devet regionalnih in specialni arhivi ter Državni arhiv. Sedaj pa sta vlogo nekdanjega Državnega arhiva prevzela Arhiv Federacije BiH in Arhiv Republike Srbske. Arhiv Republike Srbske je na novo opredeljeni nekdanji arhiv Bosanske Krajine v Banjaluki s petimi izpostavami - oddelki v Doboju, Foči, Zvorniku, Sarajevu in Trebinju ter že pokriva celotno ozemlje te enote. V okviru Federacije BiH pa delujejo le tisti arhivi, ki so bili prej regionalni, tako da arhiv v Sarajevu, Tuzli in Bihaču nadaljujejo delo kot kantonalni, medtem ko v kantonih, kjer prej ni bilo arhivov, novoustanovljeni ne delujejo ali pa so ustanovljeni samo formalno, brez prostorov, kadrov in opreme, kar naj bi jim zagotovil ustanovitelj - kanton, in ker ta oziroma občine ne zagotovijo sredstev, ti arhivi obstajajo samo na papirju. Ker arhivska mreža še ni v celoti rekonstruirana, še vedno propada in se uničuje tako dokumentarno kot arhivsko gradivo pri ustvarjalcih.